Čest problem aerobnog tretmana je rast filamentoznih bakterija. AQUA (bakterijska optimizacija otpadne vode) sistem za preradu industrijskih voda, sprečava rast ovih bakterija korišćenjem flokulentnih bakterijskih grupa, u kontaktnom tanku. Flokulentne bakterije remete usvajanje hrane kod filamentoznih bakterija i time usporavaju njihov rast. Flokulentne bakterije se odvajaju od efluenta mnogo lakše nego filamentozne bakterije.
Filamentozne bakterije izazivaju probleme kao što su:
- Formiranje pene
- Smanjenje težine mulja
- Razlaganje mulja
- Smanjenje efikasnosti tretmana
- Smanjenje transfera kiseonika